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博尔塔拉蒙古自治州水利水电勘测设计院为自治州水利局管理的差额预算事业单位，相当于副县级。其职能配置、内设机构和人员编制规定如下：

一、主要职责

㈠承担博州主要河流的流域（区域）综合规划及中小型水利水电工程的勘测、设计、水土保持方案编制工作。

㈡承担灌区规划、水利规划、防洪工程、河道整治及农村改水工程设计等工作。

㈢承担小型水库枢纽工程、水力发电工程的规划设计工作。

㈣承担水利水电工程水文地质、工程地质勘察及建设项目地表水、浅层地下水水资源论证工作。

㈤承担水利水电工程项目投资估算、概预算、工程经济评价、造价咨询、招标代理等业务工作。

二、内设机构

㈠办公室。

承担院人事文秘、行政事务、财务、档案、保密、信访、培训、精神文明建设等工作。

㈡综合技术管理科。

承担勘察设计质量管理体系建设；工程技术、设计质量及资质印章管理；技术评审、项目校审、施工服务及回访工作；设计费用测算、设计产品出版审查及交付等工作。

㈢水利水电工程规划科。

承担流域（区域）规划、灌区规划；小型水库、电站及配套工程规划；项目水土保持方案编制等工作。

㈣水利水电工程设计科。

承担农田水利工程、农村改水、小型水库、电站及配套工程设计、实施方案设计等工作。

㈤水利水电工程勘测科。

承担水利水电工程项目测量、地形测绘；水文地质、工程地质勘察、土工及材料试验；建设项目地表水、浅层地下水水资源论证等工作。

㈥工程经济管理科。

承担水利水电工程项目的招标代理、工程投资估算、概预算、工程经济评价及造价咨询等工作。

三、人员编制和领导职数

自治州水利水电勘测设计院差额事业编制58名，领导职数3名（副县级院长1名、正科级副院长2名），内设机构科级职数12名。